В 1994 году была организована кафедра зоогигиены и микробиологии, которая была переименована в 2009 году на кафедру ветеринарной санитарии.
С 1994 года заведующим кафедрой был профессор Гершун В.И., с 2006 года заведующей кафедрой была доцент Туякова Р.К., с 2013 года на должность зав. кафедрой назначен к. вет. наук Батырбеков А.Н., в 2015 году на эту должность был назначен к.вет.н., доцент Исабаев А.Ж. С 2016 г. по настоящее время заведующим кафедрой является к.в.н. Кауменов Н.С.
В 2009 году была открыта магистратура – по специальности 6М120200, в 2010 году – по специальности 6D120200 докторантура. В данное время подготовка магистров и докторов ведется по двум образовательным программам: 7M09102-Ветеринарная санитария и 8D09102-Ветеринарная санитария.
Главной целью кафедры ветеринарной санитарии является удовлетворение потребностей государства в высококвалифицированных специалистах, способных обеспечить продовольственную безопасность страны и сохранить здоровье нации.
Сотрудники кафедры являются авторами учебных пособий на государственном и русском языках («Ветеринарно-санитарная экспертиза продуктов животноводства», «Ветеринарная микробиология и вирусология», «Ветеринарная гигиена», «Санитарная микробиология» и др.), монографий («Жизнеспособность L.monocytogenes в концентрированных кормах и корнеклубнеплодах», «Экспресс-диагностика клостридиозов животных»). Они активно пропагандируют научно-популярные знания среди молодежи. Для школьников издано несколько научно-популярных книг («Мы лечим животных», «Домашние животные» и «Беседы о домашних животных» и др.).
ППС кафедры за весь период существования изданы также более 50 учебных пособий и монографий, свыше 45 научно-исследовательских и методических работ и получили свыше 30 авторских свидетельств и патентов.
Кафедра обеспечивает преподавание многих базовых и профилирующих дисциплин различных специальностей института. Подготовка специалистов ведется на казахском и русском языках.
Кафедра имеет большой опыт сотрудничества с крупнейшими вузами Казахстана и России, Польшы:
- Казахский национальный аграрный исследовательский университет;
- Казахский агротехнический университет им. С.Сейфуллина
- Жангир хан Университет;
- Семипалатинский государственный университет имени Шакарима
- Южно-Уральский государственный аграрный университет (г.Троицк);
- Варминско-Мазурский университет, г.Ольштын, Польша
Кафедрой заключены договора о научно-техническом сотрудничестве:
- ФГБОУ ВО Южно-Уральский государственный аграрный университет (г.Троицк);
- Варминско-Мазурский университет, г.Ольштын, Польша
- Институт защиты растений-Государственный Исследовательский институт, г. Белосток, Польша.
- ФГБОУ ВО «Калининградский государственный технический университет», г. Калининград, Россия
- ФГБОУ ВО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н.Э.Баумана», г. Казань, Россия
- ФГОУ ВПО Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии им. К.И. Скрябина, г. Москва, Россия
- Институт мясо-молочной промышленности, г.Минск, Белоруссия