1994 жылы зогигиена және микробиология кафедрасы құрылды, 2009 жылы ветеринариялық санитария кафедрасы атауына өзгертілді.
1994 жылдан бастап кафедра меңгерушісі профессор Гершун В.И., 2006 жылдан бастап кафедра мегерушісі доцент Туякова Р.К. 2013 жылдан бастап кафедра меңгерушісі в.ғ.к Батырбеков А.Н. тағайындалды, 2015 жылы бұл қызметке в.ғ.к., доцент Исабаев А. Ж. тағайындалды. 2016 жылдан бастап қазіргі уақытқа дейін кафедра меңгерушісі в.ғ.к. Кауменов Н.С.басқаруда.
2009 жылы магистратура-6М120200, 2010 жылы – докторантура-6D120200 ашылды. Қазіргі уақытта магистрлер мен докторларды даярлау екі білім беру бағдарламасы бойынша жүргізіледі: 7M09102-Ветеринариялық санитария және 8D09102-Ветеринариялық санитария.
Ветеринариялық санитария кафедрасының басты мақсаты еліміздің азық-түлік қауіпсіздігін қамтамасыз етуге және ұлт денсаулығын сақтауға қабілетті жоғары білікті мамандарға мемлекет қажеттіліктерін қанағаттандыру болып табылады.
Кафедра қызметкерлері мемлекеттік және орыс тілдерінде оқу құралдарының («Ветеринарно-санитарная экспертиза продуктов животноводства», «Производственный ветеринарно-санитарный контроль продуктов животноводства», «Ветеринарная микробиология и вирусология», «Жеке бактериология» «Санитарная микробиология», «Ветеринарная гигиена и санитария», «Аралық зат алмасу» и др.), монографиялардың («Безопасность пищевых продуктов»; «Балық өнімдерінде L.monocytogenes-тің таралуы және балық өңдеу кәсіпорындарында санитарлық өңдеу»; «Жизнеспособность L.monocytogenes в концентрированных кормах и корнеклубнеплодах», «Экспресс-диагностика клостридиозов животных») авторлары болып табылады.
Кафедраның ПОҚ барлық жұмыс істеген кезеңінде 60-тан астам оқу құралдары мен монографиялар, 50-ден астам ғылыми-зерттеу және әдістемелік жұмыстар жарық көрді және 30-дан астам авторлық куәліктер мен патенттер басып шығарды.
Кафедра факультеттің әртүрлі білім бағдарламаларының көптеген базалық және бейіндік пәндерін оқытуды қамтамасыз етеді. Мамандарды даярлау қазақ және орыс тілдерінде жүргізіледі.
Кафедра Қазақстан, Ресей, Литва, Польшаның ірі жоғары оқу орындарымен үлкен тәжірибелік ынтымақтастық орнатқан:
- Қазақ ұлттық аграрлық ғылыми зерттеу университеті;
- С. Сейфуллин атындағы Қазақ агротехникалық ғылыми зерттеу университеті;
- Жәңгірхан атындағы Батыс Қазақстан агротехникалық университеті;
- Шәкәрім атындағы Семей мемлекеттік университеті;
- Оңтүстік-Орал мемлекеттік аграрлық университеті ,Троицк қ., Ресей;
- Денсаулық ғылымдар Литва университеті, Каунас қ., Литва;
- Варминско-Мазур университеті, Ольштын қ., Польша.
Кафедра ғылыми-техникалық ынтымақтастық туралы шарттар жасады:
- ФМБББМ ЖО Оңтүстік-Орал мемлекеттік аграрлық университеті (Троицк қ.);
- Варминск-Мазур университеті, Ольштын қ., Польша;
- Өсімдіктерді қорғау институты-Мемлекеттік зерттеу институты, Белосток қ., Польша;
- Денсаулық ғылымдар Литва университеті, Каунас қ., Литва;
- ФМБББМ ЖО "Калининград мемлекеттік техникалық университеті» Калининград қ., Ресей;
- ФМБББМ ЖО "Н.Э.Бауман атындағы Қазан мемлекеттік ветеринарлық медицина академиясы», Қазан қ., Ресей;
- ФМБББМ ЖКО К. И. Скрябин атындағы Мәскеу мемлекеттік ветеринарлық медицина және биотехнология академиясы., Мәскеу қ. Ресей;
- Ет-сүт өнеркәсібі институты, Минск қ., Белоруссия.