1994 жылы зогигиена және микробиология кафедрасы құрылды, 2009 жылы ветеринариялық санитария кафедрасы атауына өзгертілді.
1994 жылдан бастап кафедра меңгерушісі профессор Гершун В.И., 2006 жылдан бастап кафедра мегерушісі доцент Туякова Р.К. 2013 жылдан бастап кафедра меңгерушісі в.ғ.к Батырбеков А.Н. тағайындалды, 2015 жылы бұл қызметке в.ғ.к., доцент Исабаев А. Ж. тағайындалды. 2016 жылдан бастап қазіргі уақытқа дейін кафедра меңгерушісі в.ғ.к. Кауменов Н.С.басқаруда.
2009 жылы магистратура-6М120200, 2010 жылы – докторантура-6D120200 ашылды. Қазіргі уақытта магистрлер мен докторларды даярлау екі білім беру бағдарламасы бойынша жүргізіледі: 7M09102-Ветеринариялық санитария және 8D09102-Ветеринариялық санитария.
Ветеринариялық санитария кафедрасының басты мақсаты еліміздің азық-түлік қауіпсіздігін қамтамасыз етуге және ұлт денсаулығын сақтауға қабілетті жоғары білікті мамандарға мемлекет қажеттіліктерін қанағаттандыру болып табылады.
Кафедра қызметкерлері мемлекеттік және орыс тілдерінде оқу құралдарының ("Мал шаруашылығы өнімдерінің ветеринариялық-санитариялық сараптамасы", "Ветеринариялық микробиология және вирусология", "Ветеринариялық гигиена", "Санитариялық микробиология" және т.б.), монографиялардың ("Құнарланған азықтарда және тамыртуинектілерде L. monocytogenes тіршілікке қабілеттілігі", "Жануарлар клостридиозының экспресс-диагностикасы") авторлары болып табылады. Олар жастар арасында ғылыми-көпшілік білімді белсенді насихаттайды. Оқушылар үшін бірнеше ғылыми-көпшілік кітаптар шығарылды ("Біз жануарларды емдейміз"," Үй жануарлары "және" Үй жануарлары туралы әңгімелер " және т.б.).
Кафедраның ПОҚ барлық жұмыс істеген кезеңінде 50-ден астам оқу құралдары мен монографиялар, 45-тен астам ғылыми-зерттеу және әдістемелік жұмыстар жарық көрді және 30-дан астам авторлық куәліктер мен патенттер алды.
Кафедра институттың әртүрлі мамандықтарының көптеген базалық және бейіндік пәндерін оқытуды қамтамасыз етеді. Мамандарды даярлау қазақ және орыс тілдерінде жүргізіледі.
Кафедра Қазақстан мен Ресейдің, Польшаның ірі жоғары оқу орындарымен ынтымақтастық орнатқан:
- Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университеті;
- С. Сейфуллин атындағы Қазақ агротехникалық университеті.
- Жәңгір хан университеті;
- Шәкәрім атындағы Семей мемлекеттік университеті
- Оңтүстік-Орал мемлекеттік аграрлық университеті (Троицк қ.);
- Варминск-Мазур университеті, Ольштын қ., Польша
Кафедра ғылыми-техникалық ынтымақтастық туралы шарттар жасады:
- ФМБББМ ЖО Оңтүстік-Орал мемлекеттік аграрлық университеті (Троицк қ.););
- Варминск-Мазур университеті, Ольштын қ., Польша
- Өсімдіктерді қорғау институты-Мемлекеттік зерттеу институты, Белосток қ., Польша.
- ФМБББМ ЖО "Калининград мемлекеттік техникалық университеті» Калининград қ., Ресей
- ФМБББМ ЖО "Н.Э.Бауман атындағы Қазан мемлекеттік ветеринарлық медицина академиясы», Қазан қ., Ресей
- ФМБББМ ЖКО К. И. Скрябин атындағы Мәскеу мемлекеттік ветеринарлық медицина және биотехнология академиясы., Мәскеу қ. Ресей
- Ет-сүт өнеркәсібі институты, Минск қ., Белоруссия